肯特再一次在全世界人民面前露脸了，再一次以绝对的威能震慑众生，光是吸收N2炸弹的爆炸能量就已经是怪物了，更不要说劫持全球的电视信号。
而所有人都只有一个疑问：他是谁？
远东神经元总部，这个即将成为对战使徒最前线的地下军事基地一级戒备，昏迷中的凌波丽更是被重兵把守，他们是不会轻易把凌波丽交出去的。
而第三新东京市隐藏起来的各种导弹，火炮，激光，电磁炮全部已经瞄准了肯特。只要上层一声令下就能立刻动攻击，现在他们在等待命令。
而科研团队也在拼命用他们的仪器调查肯特到底是何方神圣，他们希望能得到一个答案，哪怕最后现肯特是使徒也好。可惜他们的仪器只能观察到肯特身上蕴含的惊人力量，其他的方面不能给出任何建议。打还是不能打，科学家们也没有结论。
“难道我们真的只能交出丽么？”这样的气氛并不好，这让葛城美里想起了十五年前的悲剧。十五年前她的父母是南极研究站的科学家，而她是去南极公费旅游的学生。就是在她和父母团圆的时候，第二次冲击爆，葛城美里的父亲将她塞入了逃生仓丢到了海里，她才没有和其他人一样全部死在南极。不过经历那次悲剧之后她患上了很长时间的失语症。后来她下定决心要消灭使徒，为父母报仇才恢复正常，努力学习在三十岁以前就加入了大名鼎鼎的神经元机关，成为了抗击使徒的重要一员。
现在敌人虽然不是使徒，不过神秘不逊于使徒，那盛气凌人完全不将人类武力放在眼里的高傲让人心烦。光明正大说要绑架凌波丽，葛城美里是绝对不会让这种事情生的：“可恶，这个家伙到底要干什么？”
“美里，你去车站接一下初号机的适格者。”老头冬月副司令走来，带来了司令的命令。
“副司令，现在我不能离开。”葛城美里可不想走。
“正是现在的危机情况，我们才必须要把第二位适格者接回来，我们需要启动初号机。”冬月苦口婆心地说道：“去吧。”比起不苟言笑的碇源渡总司令，冬月这位副司令就平易近人很多。冬月原本是大学教授，自带书生气质。
美里也只能去了，反正现在也没有什么作战任务，还是适格者重要。凌波丽昏迷的情况下，他们必须要另一个驾驶员才能确保神经元一直保有战斗力。他们也知道不能只靠常规武器，他们必须要要依靠EVA。
碇真嗣不知道生了什么，他没有手机也不能上网，连打电话也只能找公共电话。看着手里大姐姐的照片，却没找到人：“果然还没有来么？”碇真嗣也没准备就能准时见到父亲。
因为地轴偏转而变成热带的日本，太阳每一天都热情洋溢。碇真嗣现城里比乡下要更热，高温之下连路面都扭曲了。
也不知道接自己的人什么时候来，碇真嗣站在车站的屋檐阴影下，安静得就好像是个女孩，与这个钢铁城市格格不入。
就是他？葛城美里开着她的跑车一路超速一到车站就看到了那个靠墙听歌的少年，和司令完全不同，真的是亲生父子么？
“抱歉，抱歉，我来晚了，真嗣君是么？”葛城美里离开神经元换下了军装，而是只穿了一身单薄的背心，事业线深不可测，把碇真嗣都看脸红了。
城里的大姐姐果然和乡下不一样。
“葛城小姐？”碇真嗣小心地问道。
“叫我美里就行了。”以后就是同事了，葛城美里觉得以姓氏称呼太见外了。
“美里小姐。”
“上车。”美里弯腰打开副驾驶的车门，示意少年不要浪费时间，他们还有正紧事情要做。
车子行驶在第三新东京市的街道上，但少年也看不到其他的行人，他好奇地说道：“好安静的城市啊。”
“因为在你来之前布了防空警报，所以大家都留在了室内。”说道这里葛城美里又想起了自己的工作，那个红披风的家伙实在是个难缠的绑架犯。
“防空警报？”少年吓了一跳，怎么他一来就要打仗？
“你难道没有看新闻么？在城市上空出现了一个怪物，现在全城戒严。”
少年摇头：“我来的路上倒是遭遇了火车出轨，后来被一个穿红色披风的飞人救了，我们都是坐警察安排的车子到车站的。”一路上也是惊心动魄，根本没有时间看新闻。
倒是美里听少年的描述脸上出现震惊的表情：“你说什么？你说你们被穿红色披风的飞人救了？”美里双手离开方向盘，从裤兜里掏出手机操作起来。
疯了疯了：“美里小姐，前面，前面。”
然而美里不管方向，她需要少年确定一下他看到的东西：“是不是这个？”手机屏幕上是超人漂浮的照片。
看着就在鼻子前的画面，碇真嗣接过再看才确定：“就是他，美里小姐你认识他么？”如果还能见面的话，碇真嗣倒是可以说一声谢谢。
认识？那是不可能的。拿过手机给赤木律子打电话：“律子，我有现了，原来那个怪人在不久之前救回了一辆出轨的火车，没错就是真嗣君乘坐的那一趟。你就找人询问一下当时乘客的口供。”“我知道，我会把真嗣君安全送到的。”
碇真嗣一直看着这位活泼的大姐姐，心想这大姐姐是不是脱线？
“真嗣君，抓稳了，我要加速了。”工作有了突破，美里想尽快回去。
“啊——”碇真嗣现在还不是那个驾驶初号机狂奔的少年，对于美里超速的情况他只想说安全第一。
神经元位于第三新东京市的地下，或者说第三新东京市就包含了地上和地下两个部分。神经元就在溶洞的下方，以第三新东京市的地下城部分为苍穹，城市的灯光将这地下空间照亮，从地面经过反射折射的阳光给了地下温暖。
壮观，乡下少年眼睛都装不下这宏伟的景色，只感觉人类实在太伟大了，竟然能在地下空间修建如此壮丽的建筑群，这绝对是人类奇观。连接地面和地下的运送轨道，如扶梯一样可以运送各种物资，现在美里的车就整体地被运往地下。
上方是地下城的辉煌灯光和收集阳光，溶洞底部是金字塔形状的神经元总部，两侧甚至还有水库和森林，完全不能相信自己现在身在地下空间，可以说是奇的不能再奇了。
“这里就是神经元总部。”作为神经元的一份子，此时见少年惊讶的样子，美里也生出自豪来。
不过少年的惊艳也只持续到了站在巨型机器人之前，父亲冷冷的命令就如一盆冷水泼在少年头顶：“坐上去或者回去。”
碇真嗣万万没想到自己连父亲都没有来的及叫一声，就被父亲冰冷的语气打脸了：“这就是你叫我来的原因么？”碇真嗣已经带上哭腔了，好不容易可以见到父亲，可是突然被要求驾驶机器人这不是开玩笑么？也没有人提前通知一下，简直就是强人所难。
“是的，你要驾驶初号机。”居高临下看着自己的儿子，碇源渡只感觉这儿子太软弱了。男孩怎么可以哭。
“司令，他还没有通过启动试验。”葛城美里也觉得这太过分了，让一个没有经过同步试验的少年驾驶初号机，会出事的。
“丽已经醒了，我们不能一直被动观察，我们需要制定作战计划。如果他不能启动初号机，那么只能让丽上了。”那个怪人不是要丽么？倒要看看如果丽驾驶EVA，对方还怎么绑架。
“零号机还在冻结中？”美里脸色一变：“难道想要丽来驾驶初号机？这太乱了了！”对于这位专断独行的司令，美里表示不能理解，碇真嗣不是官二代么？为什么对亲儿子这么严厉？