一击击破抵挡了多次使徒入侵的金属保护层，迅雷不及掩耳之势地打败二号机，将明日香打伤。力天使以绝对的强者姿态制霸第三新东京市。
而在地表，美里只能通过电话指挥作战，她想要下去，可是因为地表被击穿，所有的地下通道全部封锁，她根本下不去。站在巨大的坑洞边上，手里握着U盘，此时此刻美里想起了十五年前，那时的自己也是如此无能为力只能看着其他人牺牲。寻求真相的加持也好，战斗的碇真嗣也好，自己虽然是唯一升官的，其实自己做的事情却是最微不足道的。制定作战计划又不是不可代替的。
“可恶，一定要让初号机顶住。”美里对着电话大吼。
可是战斗并不乐观，二号机已经输掉了，碇真嗣也不一定就会赢。力天使是瞪谁谁爆炸，初号机不得不忍受剧烈的爆炸，碇真嗣根本不能有任何的抵抗。
一次两次三次……更多次，停了又起，不停的爆炸将初号机的装甲都融化了让它不得超生。
而溶洞的地面也越来越下陷，脚下的神经元空间已经全部毁掉了。指挥室里的CIC都已经做好撤离的准备，这么厉害的使徒，他们根本打不赢的。
在更深的地下，碇源渡带着零号机和渚熏站在了中央教条之中，那是血海之中的巨人，十字架上的莉莉丝正在沉睡，胸口的朗基努斯之枪安静地执行封印的使命。
“李林的王，一切都在你的计划里么？”此时此刻，身具亚当灵魂的渚熏才知道前因后果，才看到碇源渡的野心。他知道所有人都被碇源渡骗了，包括自己，碇源渡不愧是人类之王。
李林是人类还是使徒时候的称呼，《死海文书》中记载的。
渚熏才现地下的根本不是亚当，而是莉莉丝，也就是说他如果下去引融合，那么最后他会被碇源渡利用。虽然一开始渚熏就知道碇源渡在利用自己，可是渚熏一直以为自己才是掌握主动权的人，因为他以为亚当就在脚下，他想融合就融合，想放弃就放弃。
却没想到融合的主动权在碇源渡手里，地下的莉莉丝不过是诱饵，渚熏也被骗了。
碇源渡没有废话，而是命令‘傀儡系统’无人驾驶零号机将朗基努斯之枪拔出。原本残缺的莉莉丝迅速复原成为一个大肚翩翩的人形使徒，在它的肚子上还长出了一些手手脚脚，似乎肚子里还有生命在孕育。
怀孕的莉莉丝，这就是万物之母。
现在只需要等力天使被打败，碇源渡就能立刻开始融合，虽然仓促，不过碇源渡知道他没时间等待万事俱备了。
“你难道就不想想自己的孩子？”渚熏现在充满了被欺骗的苦闷，脸色极其不好看，他自以为自己很聪明，却犯下了和使徒一样的错误。现在渚熏要么毁掉所有的计划，要么就变成碇源渡的工具，没有第三条路走。
想儿子？碇源渡表示多余，他没这闲工夫。碇源渡其实还是想念凌波丽的，要不是有超人，他现在也不会落魄到和儿子抢男人的下场。
然而战斗却并没有那么轻松，力天使几乎将初号机打成渣子。
整整五分钟，初号机被炸开电源之后在AT力场的保护下整整被狂轰滥炸了五分钟，此时它已经完全看不出原来的模样，连傲人的天线都被融化弯曲。
碇真嗣是全身上下哪都疼，每一寸皮肤都好像已经不是自己的了，麻麻的。
更要命的是没电了，没电初号机的力场就会消失，到时候将再无还手之力。
轰！
击穿，碇真嗣只感觉肚子火辣辣地疼，好像被融出了一个洞：“动啊，动啊……”碇真嗣要哭了，现在不动的话，大家都会死的。
肯特看着破败的第三新东京市，表示拆的好。不过似乎有人被困在废墟里了，那么剩下的就让他继续拆。
冲开金属板，融化出一个笔直的大洞，恰好落在了加持和冬月逃走的漆黑通道。
当头顶通道释放高温红光，被照亮的时候，加持就知道自己得救了，因为是超人缓缓从上面飞了下来，送入了光芒。
加持从来没有这么渴求阳光，在地下的短短几十分钟他还以为自己死定了呢，因为他们前后左右都已经被碎石堵死了，而且也没有光，只能借着打火机的亮摸索，在崎岖不平的空间内寻找出路，一边还要忍受隐约的爆炸声和不断的摇晃，以及淅淅沥沥的碎石，加持一度以为他们已经进入了地狱。
加持虽然做好了被杀的准备，可是能活下去的话他选择生命。
美里再一次见到加持的时候扑进了他的怀里，而加持这一次也没有拒绝。完成使命并且从暗杀中活下来的他，选择新生。
肯特看了冬月一眼，这个老头子为了自己的女学生可是费尽心思，一点也不比碇源渡少，是个老不休。其实冬月当初也是调查第二次冲击的真相后才进入神经元的，算是比较后期的加入者。
然而冬月也是人类精英之一，能有机会加入人类终极的计划中，也就成为了隐瞒真相的一份子，现在甚至要暗杀和他很相似的加持。
看着眼前的三个人，叶知秋感觉看到了人的三个阶级。美里知道第二次冲击的真相，却只以为使徒是人类的敌人。加持不知道第二次冲击的真相，最后调查却调查到了‘人类补完计划’，并选择公开真相。冬月开始也不知道第二次冲击的真相，调查之后却成为了‘人类补完计划’的一份子，同流合污。
“人类应该有不同的选择，冬月你选择了一条和加持不同的路，却要堵死加持选择的道路，你和SEELE一样已经走上了歧路。”
果然超人什么都知道了，所以才会被SEELE冤枉，加持感激地看着超人：“超人，我相信你。你一定要揭穿SEELE的阴谋。”
“揭穿他们是你们的任务，你们已经掌握了真相，我会把SEELE的人员名单还有部分不可告人的罪证交给你们，你们愿意揭‘人类补完计划’的全貌么？”
加持和美里对视一眼，心有灵犀地点头，这会是他们后半生为之努力的事业，一定要彻底铲除SEELE。肯特得到答案，拿过他们的U盘，动虹膜手术刀将大脑里的情报直接写入U盘，将视线变为输出端，不接电脑直接写入内容。最后在U盘的外壳上用热视线画一个超人的‘S’logo，还回去。
又看向冬月：“你似乎是坚持人类补完的，那么我就送你去一个你一直想去的地方。”肯特手里多出了一个手枪形仪器：AT力场反转器，是用来把生命送回莉莉丝肚子里去的东西。
莉莉丝作为万物之母，肯特就不伤害她了，再说莉莉丝是凌波丽的灵魂本体，莉莉丝的存在也直接关系到凌波丽。所以肯特准备把莉莉丝保留在原地，作为期待‘人类补完计划’的人类的去处。
把冬月和碇源渡这一对好基友送回万物之母的肚子里去，让他们两个继续相辅相成地过日子去吧。
冬月被那AT力场反转枪打中，瞬间就变成了一滩LCL液体，把美里和加持都吓了一跳。
“不要紧张，如果人类补完计划成功的话，那么你们也会变成一滩橘子水。”肯特一吹那外形夸张的反AT力场枪的枪口，表示人类不变橘子水都要感谢他这个多管闲事的超人。